微生物菌肥是微生物肥料的一种：在使用过程中，微生物肥料在提高土壤生物肥力、防控根部病害、提高产品品质作用显著，但是也有用户反映效果不稳定，同一批次的品种在不同作物、不同时期、不同用量的情况下效果差异很大。经过调查发现，引起效果不稳定有产品本身的问题，也有储运和用户使用的问题。因用户不正确使用造成微生物肥料效果降低的现象十分常见，农户使用这类肥料中存在诸多误区，主要体现在观念和使用方法上。
误区1：靠见效速度评价产品好坏。
微生物的生命活动，除了会分解土壤中难溶及被固定的元素，增加营养元素的供应量，利用自然界的物质转化为植物生长所必须的物质，促进作物产量提高外，还能产生植物生长刺激素和拮抗某些致病微生物的作用，可减轻作物病虫害的发生，肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期，这一点是与化学肥料和植物调节剂的最大区别，这也就出现了微生物肥料速效性不如化学肥料与植物调节剂的现象。所以不能拿化肥的见效速度和生物比。
误区2：种类混乱，概念分不清使用的是菌剂还是菌肥。
农用微生物菌剂是指目标微生物（有益菌）经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂，它具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用；应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境。
微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥，复合微生物肥料是指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品；
生物有机肥是指目的微生物经工业化生产增殖后与主要动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。
菌剂、菌肥最大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。
误区3：不合理使用
部分微生物菌种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量不合理使用、杀菌剂的不合理使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，有益菌的地位一旦降低有害菌就会逆增，所以必须要继续保持有益菌群的地位，确保转换有害菌的性质，这就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。
误区4：不注重菌的种类。
少数用户在选购微生物肥料时只注重是不是含菌，而不关注菌的种类，缺乏对症用菌的意识，使用了不对症的菌品种，产品效果难以发挥，难以达到用户目的。现阶段在农业部获得登记的微生物品种有根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合细菌菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂。不同品种具有的功能不同，微生物肥料的作用会体现在六个方面：提供或活化养分功能；产生促进作物生长活性物质能力；促进有机物料腐熟功能；改善农产品品质功能；增强作物抗逆性功能；改良和修复土壤功能。要结合需求、菌种特点、菌种功能选用对症的产品。
误区5：微生物肥料可以替代化肥。
土壤肥力由生物肥力、化学肥力、物理肥力三部分组成，使用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以间接促进化学肥力和物理肥力的提高。使用微生物肥料不能完全替代化肥！导致这个问题很大一部分原因是产品推广人员的错误宣传和误导！
误区6：储存方式
含有微生物的肥料都应密封避光保存！因为微生物是运动的，遇见空气一定时间内会挥发菌群失效，另外紫外线会影响菌的活性。
