微生物菌肥在花卉肥料中的应用效果好，见效快，是一种十分适合土培花卉植株使用的肥料。而这些功效啊主要来源于其中大量的活性微生物有益菌，这些活菌会在施用到土壤，并且浇水后开始进行快速的生长、繁殖以及代谢，而正是这些过程中所分泌的生长调节类物质、营养物质以及抑菌物质等，以及释放出的被土壤长期固定住的磷、钾等元素。这些物质不仅可以为植株的生长提供大量充足的养分，而且还可以明显改善植株抗旱、抗倒伏等抗性，提高了植株的成活率。
微生物菌肥是一种在农业在施用的，可以改善耕地质量、减少土壤板结、促进作物生长、提高作物产量以及品质等的生物制剂，具有安全、效率高、环保性强的特点，由于菌剂的强大功效，也正在逐渐应用于花卉肥料中。
这些菌在土壤中还可以在植株的根部周围形成一个生物屏障，这个由大量微生物形成的屏障不仅可以有效抵抗土传病害的侵袭，而且菌在繁殖、代谢等过程会侵占有害菌的生存空间以及营养等，还可以分泌出抑菌物质来抑制有害菌的繁殖，明显减少土壤中有害菌的数量，改善土壤微生物环境。
